Die AGAPLESION BETHESDA KLINIK ULM gehört seit 2006 mehrheitlich zum Gesundheitskonzern AGAPLESION – ein Verbund christlicher Einrichtungen im Gesundheitswesen mit Sitz in Frankfurt am Main. Die gemeinnützige Aktiengesellschaft AGAPLESION hält 60% der Anteile, 40% liegen bei der Bethanien Diakonissen-Stiftung.